Ministrstvo za okolje in prostor v obdobju, na katero se nanaša revizija, ni bilo učinkovito pri zagotavljanju urejenosti postopka prostorskega načrtovanja občin. Do konca leta 2015 je prostorske načrte sprejelo le 130 od 212 občin, čeprav se je zakonski rok za njihov sprejem iztekel že novembra 2009, nekaj pa jih z njihovo pripravo niti še ni pričelo. Ministrstvo za okolje in prostor ni dajalo spodbud ali uvedlo sankcij, ki bi občine spodbudile k pričetku oziroma dokončanju postopkov prostorskega načrtovanja, temveč je občinam ves čas omogočalo spreminjanje in dopolnjevanje starih prostorskih aktov.

Postopek prostorskega načrtovanja je v povprečju od prve predložitve osnutka občinskega prostorskega načrta do sprejema občinskega prostorskega načrta trajal več kot tri leta in pol (točneje 1.315,6 dne). Vendar pa v ta čas ni vključen čas do priprave osnutka občinskega prostorskega načrta na občini. Postopek prostorskega načrtovanja občin ne omogoča celovitega pristopa k prostorskemu načrtovanju in ne vsebuje ustreznih mehanizmov reševanja nesoglasij med občino in nosilcem ali več nosilci urejanja prostora. Ministrstvo za okolje in prostor tudi ni sistematično ugotavljalo vzrokov za dolgotrajnost postopkov sprejema občinskega prostorskega načrta.

Ministrstvo za okolje in prostor ni posodobilo temeljnih usmeritev za prostorsko načrtovanje, ni še vzpostavilo polno funkcionalnega prostorskega informacijskega sistema ter ni zagotovilo, da bi bile javnosti pravočasno vključene v postopek prostorskega načrtovanja občin in bi imele zagotovljeno učinkovito pravno varstvo. Smiselno bi bilo tudi proučiti, če bi bilo mogoče postopek celovite presoje vplivov na okolje v večji meri integrirati v postopek prostorskega načrtovanja občin, saj se ta z uvedbo celovite presoje vplivov na okolje bistveno podaljša.

Na dolgotrajnost postopka prostorskega načrtovanja občin vpliva tudi usklajevanje občin s posameznimi nosilci urejanja prostora, ki obravnavajo občinski prostorski načrt delno oziroma vsak s svojega področja. Mnenja k občinskemu prostorskemu načrtu je v zakonsko predpisanih rokih uspel pripravljati le Zavod Republike Slovenije za varstvo narave, predvsem zaradi svoje organizacije. Standardizacijo stališč k občinskemu prostorskemu načrtu, ki je pomembna za zagotavljanje kakovosti mnenj ter njihove medsebojne primerljivosti, zagotavlja le Ministrstvo za kulturo, vsebinsko poenotenje mnenj k občinskemu prostorskemu načrtu pa poleg Ministrstva za kulturo le še Zavod Republike Slovenije za varstvo narave.

Naloge nosilca urejanja prostora je opravljal učinkovito zgolj Zavod Republike Slovenije za varstvo narave. Ministrstvo za kulturo je svoje naloge opravljalo delno učinkovito, Ministrstvo za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano ter Ministrstvo za okolje in prostor (slednji za področji poselitve in vod) pa svojih nalog nista opravljala učinkovito. 

Računsko sodišče je predložitev odzivnega poročila zahtevalo le od Ministrstva za okolje in prostor. Ministrstvu za okolje in prostor, Ministrstvu za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano in Zavodu Republike Slovenije za varstvo narave pa je podalo vrsto priporočil za izboljšanje učinkovitosti.