Računsko sodišče je ugotovilo, da Vlada Republike Slovenije pri strateškem načrtovanju dolgoročnega izkoriščanja jedrske energije za proizvodnjo električne energije ni bila učinkovita, saj je z medsebojno neusklajenim načrtovanjem in odločanjem o nadaljnjem izkoriščanju jedrske energije za proizvodnjo električne energije v strateških dokumentih države, kot sta nacionalni energetski progam in strategija upravljanja kapitalskih naložb države, GEN energijo, d. o. o., Krško puščala v negotovosti glede tega, ali bo gradnja drugega bloka NEK mogoča. Vlada ni v zadostni meri spremljala, usmerjala in nadzorovala dela ministrstva, pristojnega za energetiko, pri pripravi osnutka predloga Nacionalnega energetskega programa, zato ta ni bil nikoli dokončan in sprejet na vladi.

Ministrstvo, pristojno za energetiko, je bilo pri strateškem načrtovanju dolgoročnega izkoriščanja jedrske energije za proizvodnjo električne energije delno učinkovito, saj je šele v letu 2009 začelo s postopki za pripravo novega nacionalnega energetskega programa, hkrati pa ga ni pripravilo pravočasno in ga posredovalo v sprejem vladi. Prav tako ni dopolnilo osnutka predloga Nacionalnega energetskega programa in v njem predlagalo odločitve glede drugega bloka NEK. Energetskega koncepta Slovenije ni pripravilo v predvidenih rokih, Gen energiji pa ni odgovorilo na vlogo za izdajo energetskega dovoljenja za drugi blok NEK v obdobju 3 let in s tem povzročalo negotovost glede sprejemljivosti projekta.

Upravljavec kapitalskih naložb države je bil pri načrtovanju proizvodnje električne energije v jedrskih elektrarnah delno učinkovit, saj je sprejel strateško-razvojne načrte Gen energije, ki glede drugega bloka NEK niso bili usklajeni z veljavno Resolucijo o Nacionalnem energetskem programu iz leta 2004. Poleg tega v letnih načrtih upravljanja kapitalskih naložb ni opredelil podrobnih ciljev glede drugega bloka NEK, ki bi mu omogočali učinkovito spremljanje upravičenosti izvedenih študij Gen energije v zvezi z drugim blokom NEK. Od Gen energije ni zahteval, da mu pripravi posebna poročila o projektu drugi blok NEK, in ni zahteval, da mu poroča o vseh nastalih stroških v zvezi s študijami o drugem bloku NEK. Upravljavec kapitalskih naložb države ni opozoril vlade in državnega zbora, da je treba glede projekta drugi blok NEK pridobiti jasno stališče Republike Slovenije, in ni poročal, v kolikšni meri bil je dosežen cilj iz strategije upravljanja kapitalskih naložb države glede investicije v drugi blok NEK.

Gen energija je bila pri načrtovanju proizvodnje električne energije v jedrskih elektrarnah delno učinkovita. V obdobju od leta 2006 do leta 2016 je pri različnih domačih in tujih izvajalcih naročila 122 študij in analiz v skupni pogodbeni vrednosti 16.088.214 evrov, ki se nanašajo na upravičenost in izvedljivost projekta drugi blok NEK. V tem obdobju je naročila 59 študij v skupni vrednosti 10.041.591 evrov, ne da bi javna naročila izvedla po enem izmed postopkov javnega naročanja. Gen energija ni podrobneje opredelila in z upravljavcem kapitalskih naložb države uskladila, katere študije in aktivnosti sodijo v fazo pred odločitvijo o projektu, prav tako ni vzpostavila pogojev za učinkovito spremljanje izvajanja načrtovanih študij in poročanja o izdelanih študijah.

Računsko sodišče je za izboljšanje poslovanja Gen energiji podalo priporočila, za odpravo ugotovljenih neučinkovitosti pa je vladi, Ministrstvu za infrastrukturo, Slovenskemu državnemu holdingu in Gen energiji naložilo izvedbo popravljalnih ukrepov.