Računsko sodišče je že leta 2013 prvič revidiralo poslovanje Ministrstva za zdravje pri izvajanju projekta eZdravje in izreklo mnenje, da ministrstvo pri tem ni bilo uspešno. V ponovni reviziji je računsko sodišče preverilo nadaljevanje izvajanja projekta eZdravje, in sicer pri ministrstvu in Nacionalnem inštitutu za javno zdravje (NIJZ), ki je 1. 12. 2015 od ministrstva projekt prevzel v upravljanje. Revizija je obsegala obdobje od 20. 3. 2014 do 31. 12. 2016.
Ministrstvo je vzpostavilo predvidene informacijske rešitve in druge rezultate projekta eZdravje, vendar ni zagotovilo, da bi se vsi rezultati projekta tudi uporabljali. Poleg tega navedbe ministrstva glede statusa projekta eZdravje niso v celoti odražale dejanskega stanja. Ob predaji rezultatov projekta eZdravje z ministrstva na NIJZ je bila večina že razvitih rešitev še vedno v omejeni uporabi ali pa še niso bile v uporabi.
NIJZ je po prevzemu rezultatov projekta eZdravje izvedel vrsto aktivnosti za širitev uporabe informacijskih rešitev in tudi dosegel napredek. Do zaključka obdobja, na katero se nanaša revizija, je bilo tako sedem informacijskih rešitev eZdravja v polni uporabi, deset jih je bilo v omejeni uporabi, tri pa še niso bile v uporabi.
Po oceni računskega sodišča ministrstvo pri doseganju vsebinskih in terminskih ciljev projekta eZdravje ni bilo uspešno, NIJZ pa je bil delno uspešen pri doseganju vsebinskih ciljev projekta eZdravje, ni pa bil uspešen pri doseganju terminskih ciljev projekta.
Računsko sodišče od ministrstva in NIJZ ni zahtevalo predložitve odzivnega poročila, ker so bile že med revizijskim postopkom, kjer je bilo mogoče, odpravljene razkrite nesmotrnosti oziroma sprejeti ustrezni popravljalni ukrepi, je pa ministrstvu in NIJZ podalo več priporočil.
