Ko zaupnik prejme prijavo, izvede predhodni preizkus. To pomeni, da preveri zakonske pogoje za obravnavo prijave, ali se prijavljena kršitev nanaša na subjekt (prijava kršitev znotraj delovnega okolja) in ali prijavljena kršitev še traja oziroma je prenehala pred manj kot dvema letoma.

Predhodni preizkus zaupnik izvede v sedmih dneh po prejemu prijave in o tem obvesti prijavitelja. Če zaupnik prijavo sprejme v obravnavo, se postopek nadaljuje, v nasprotnem pa prijavitelja obvesti o tem, da prijave ne bo obravnaval, in pojasni razloge. Po potrebi lahko zaupnik kontaktira prijavitelja za posredovanje dodatnih podatkov, ki mu bodo omogočili celovito obravnavo prijave.

V nadaljevanju obravnave zaupnik oceni, kdo znotraj računskega sodišča lahko pomaga pri preiskavi kršitve in izvedbi ukrepov za odpravo kršitve. Te osebe seznani z vsebino prijave, ne pa tudi s podatki o prijavitelju. Če bo treba za razrešitev prijave druge osebe seznaniti z osebnimi podatki prijavitelja (ker se npr. kršitev nanaša nanj osebno), ga bo zaupnik zaprosil za soglasje za razkritje osebnih podatkov. Če brez soglasja prijavitelja ne bo mogoče nadaljevati s postopkom, le-ta pa se z razkritjem ne strinja, bo postopek ustavljen.

Z vsebino prijave (ne pa tudi s podatki o prijavitelju) bo seznanjena tudi oseba, na katero se prijava nanaša (kršitelj), ki bo lahko v postopku sodelovala in ščitila svoje interese, če je to v konkretnem primeru ustrezno.

V postopku ugotovljene kršitve bodo odpravljene v najkrajšem roku. Zaupnik bo po potrebi o kršitvah obvestil tudi pristojne organe, kadar je prijava kršitev zunanjim organom obvezna, in naznanil kaznivo dejanje oziroma vložil kazensko ovadbo v primeru, ko bi pri ugotovljeni kršitvi šlo za kaznivo dejanje, katerega storilec se preganja po uradni dolžnosti. V slednjem primeru bo zaupnik vaše osebne podatke posredoval državnemu tožilstvu le na obrazloženo zahtevo, če bo to nujno potrebno zaradi preiskovanja kaznivih dejanj.

Ob zaključku postopka zaupnik prijavitelja seznani z izidom postopka ter predlaganih in izvedenih ukrepih. Če postopek še ne bo končan po treh mesecih, bo zaupnik ob tej priložnosti prijavitelja obvestil o trenutnem stanju zadeve. Zaupnik bo o izidu postopka obvestil tudi predsednika računskega sodišča, pri čemer v poročilu ne bo navajal osebnih podatkov prijavitelja.