Računsko sodišče meni, da sta bila Javna agencija za civilno letalstvo Republike Slovenije in ministrstvo, pristojno za promet, v letih 2011 in 2012 le delno uspešna pri vzpostavitvi sistema procesov, ki so bili usmerjeni k temu, da bi bile predpisane naloge agencije dobro izvedene. Agencija ni bistveno izboljšala nadzora v civilnem letalstvu, saj ni izboljšala izvajanja nadzornih nalog, ker ni uspela povečati števila nadzornikov v načrtovanem obsegu. Sodelovanje med pristojnim ministrstvom in agencijo ni bilo uspešno, saj se nista uskladila o potrebnem številu nadzornikov za izvajanje nalog agencije kot tudi ne o kriterijih za delitev stroškov po dejavnostih agencije. O pravilnosti poslovanja v istem obdobju je bilo agenciji izrečeno mnenje s pridržkom, predvsem zaradi nepravilnega razporejanja javnih uslužbencev, ki jim je nepravilno določala in izplačevala tudi plače, poleg tega pa je kršila še predpise o javnem naročanju. Računsko sodišče je od agencije in ministrstva zahtevalo predložitev odzivnega poročila.