Računsko sodišče je Nacionalnemu inštitutu za javno zdravje izreklo mnenje s pridržkom o delu poslovanja v letu 2019 predvsem zaradi nepravilnosti v zvezi z osnovno plačo in dodatki ter drugimi prejemki, nekatere pravice pa so bile zaposlenim zagotovljene v večjem obsegu od predpisanega. Popis osnovnih sredstev ni bil izveden v skladu s predpisi. Pri zagotavljanju podatkov o čakalnih dobah je bil inštitut delno učinkovit. Učinkovitejši bi moral biti pri določanju aktivnosti zbiranja in obdelave podatkov ter poročanju, pri opredelitvi modelov oziroma kriterijev vrednotenja uspešnosti in kakovosti storitev ter pri zagotavljanju ustrezne primerljivosti podatkov iz lokalnih informacijskih sistemov. Poleg tega ni poskrbel, da bi bilo razvidno, zakaj elektronsko naročanje in spremljanje podatkov o čakalnih dobah ni mogoče za vse vrste storitev iz veljavnega šifranta in ni  poskrbel za odpravo ugotovljenih težav pri izvajanju določenih aktivnosti, ki bi vodile k bolj kakovostnim podatkom o čakalnih dobah.

Računsko sodišče je inštitutu podalo več priporočil ter zahtevalo predložitev odzivnega poročila.