Računsko sodišče je izvedlo revizijo pravilnosti poslovanja Inštituta za varovanje zdravja Republike Slovenije, ki je do ustanovitve Nacionalnega inštituta za javno zdravje in Nacionalnega laboratorija za zdravje, okolje in hrano izvajal socialno-medicinsko, higiensko, epidemiološko in zdravstveno-ekološko, informacijsko, analitično, strokovno-dokumentacijsko in programsko dejavnost za področje socialnega varstva ter temeljno aplikativno in razvojno-raziskovalno delo na tem področju.

Cilj revizije je bil podati mnenje o pravilnosti poslovanja Inštituta za varovanje zdravja Republike Slovenije v letih 2011 in 2012. 

Računsko sodišče je o pravilnosti poslovanja Inštitutu za varovanje zdravja Republike Slovenije izreklo negativno mnenje, ker je ugotovilo:

• da je v posameznih primerih nepravilno določil osnovno plačo in obračunal dosežena napredovanja, zato je v nasprotju z Zakonom o sistemu plač v javnem sektorju in Zakonom za uravnoteženje javnih financ javnim uslužbencem izplačal najmanj za 39.429 evrov previsoke in 847 evrov prenizke plače;
• za delo prek študentskega servisa ni pridobil soglasja, zato je znesek 1.210 evrov izplačal v nasprotju z Zakonom za uravnoteženje javnih financ;
• javnim uslužbencem, ki niso bili upravičeni do nezgodnega zavarovanja, je plačeval premije za nezgodno zavarovanje v skupnem znesku 15.797 evrov v nasprotju z Zakonom o javnih uslužbencih;
• da je pri nabavi materiala, zdravil, storitev in osnovnih sredstev v znesku 13.986.036 evrov ter pri izvajanju posameznih postopkov izbire dobaviteljev ravnal v nasprotju s predpisi o javnem naročanju.

Inštitut za varovanje zdravja Republike Slovenije med revizijskim postopkom ni odpravil vseh ugotovljenih nepravilnosti, zato je računsko sodišče od Nacionalnega inštituta za javno zdravje in Nacionalnega laboratorija za zdravje, okolje in hrano zahtevalo predložitev odzivnih poročil, v katerih morata izkazati ukrepe za odpravo nepravilnosti pri določanju in obračunavanju plač in oddaji javnih naročil.