Računsko sodišče je Mestnim lekarnam izreklo negativno mnenje o pravilnosti poslovanja v delu, ki se nanaša na nabavo in zaračunavanje zdravil ZZZS v letu 2014, ker v razpisni dokumentaciji niso določile ustreznih meril za izbiro dobaviteljev zdravil v znesku 1.900.135 evrov in dobaviteljev zdravil v znesku 9.744.488 evrov niso izbrale na podlagi predhodno izvedenega ustreznega postopka oddaje javnega naročila, s prostimi denarnimi sredstvi pa niso ravnale v skladu z internim aktom. Računsko sodišče je ocenilo, da bi potencialni prihranki ZZZS v primeru, da bi bili kasneje dobljeni popusti na zdravila izdana na recept, vključeni v nabavno ceno posameznega zdravila, lahko znašali 119.000 evrov. Računsko sodišče je od Mestnih lekarn zahtevalo predložitev odzivnega poročila.