Računsko sodišče je Javni agencije Republike Slovenije za zdravila in medicinske pripomočke (JAZMP) za pravilnost poslovanja v letih 2011 in 2012 izreklo mnenje s pridržkom zlasti zaradi nepravilnosti pri razvrstitvi vodstvenih delovnih mest, izbiri izvajalcev storitev, izdaji odločb in določanju izredne višje dovoljene cene zdravil. JAZMP tudi ni vzpostavila predpisanega registra medicinskih pripomočkov.Pri uresničevanju zastavljenih ciljev v obdobju od 1. 1. 2007 – 30. 6. 2013 je bila delno uspešna, saj strateških ciljev ni določila za vse naloge, posamezni cilji pa niso imeli določenih izhodiščnih vrednosti. 

Vlada in Ministrstvo za zdravje sta bila v istem obdobju pri zagotavljanju pogojev poslovanja in nadzoru nad JAZMP delno učinkovita predvsem, ker ustanovitev agencije ni bila ustrezno utemeljena, ni bila preverjena višina pristojbin, kljub ustvarjenemu presežku vrednost transferne pogodbe ni bila zmanjšana, niso bili določeni cilji in pričakovani rezultati za delo direktorja, ni bila sklenjena pogodba za uporabo in upravljanje prostorov in opreme. 

Računsko sodišče je od JAZMP in ministrstva zahtevalo predložitev odzivnega poročila, vsem revidirancem pa podalo tudi priporočila za izboljšanje poslovanja.