Računsko sodišče meni, da je bila Javna agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije pri izbiri raziskovalnih programov in projektov v letu 2017 in prvi polovici leta 2018 delno učinkovita. Poslovanje bi lahko izboljšala pri načrtovanju in izvajanju postopkov izbire, predvsem pa pri spremljanju njihovega izvajanja. Agencija ni v vseh primerih izkazala preveritve kvalitativnih pogojev za tuje recenzente. Dvofaznost postopka izbire raziskovalnih projektov ni bila učinkovita rešitev. Agencija izvajanja raziskovalnih programov in projektov ni dovolj učinkovito nadzirala in spremljala, da bi lahko pridobila ustrezna zagotovila o namenski porabi sredstev ter o zakonitosti, učinkovitosti in uspešnosti dela raziskovalnih organizacij, poleg tega pa učinkov dodeljenih sredstev ni merila in analizirala, da bi jih lahko ovrednotila, in ni pravočasno zahtevala vračil nenamensko porabljenih sredstev. Računsko sodišče je od agencije zahtevalo predložitev odzivnega poročila in ji podalo priporočila za izboljšanje poslovanja.