Računsko sodišče je opravilo revizijo učinkovitosti poslovanja Marjetice Koper v letih 2015 in 2016. Marjetica Koper je bila pri poslovanju v tem obdobju delno učinkovita.
Marjetica Koper ni v celoti ustrezno načrtovala poslovanja, ker ni imela dolgoročnega razvojnega načrta in dolgoročnih dokumentov upravljanja s finančnimi naložbami. Družba je razpolagala z letnimi načrti, vendar postopkov načrtovanja ni imela urejenih v notranjih aktih. Prav tako v notranjih aktih ni določila postopkov dodeljevanja sponzorskih sredstev in donacij. Stroškov sponzorstev in davčno nepriznanih stroškov v letnih načrtih ni posebej opredelila po namenu, vsebini in vrednosti ter zanje ni določila ciljev in pričakovanih učinkov. V notranjih aktih tudi ni določila postopkov za zagotavljanje učinkovitega poslovanja na področju najemanja zunanjih izvajalcev.
Marjetica Koper je bila pri izvajanju dejavnosti delno učinkovita. V letih 2015 in 2016 je z izvajanjem gospodarskih javnih služb ustvarila dobiček, z izvajanjem tržnih dejavnosti pa izgubo. Ni vzpostavila ustreznih notranjih kontrol za zagotavljanje učinkovitosti in skladnosti izbire zunanjih izvajalcev in dobaviteljev z notranjimi akti in z zakoni s področja javnega naročanja in za zagotavljanje objav informacij javnega značaja ter ni sklepala vsebinsko ustreznih pogodb z zunanjimi izvajalci, dobavitelji in prejemniki sponzorskih sredstev. V postopku pridobivanja finančnih naložb ni učinkovito zavarovala interesov, ki jih ima kot javno podjetje, ter ni pridobila ustreznega soglasja nadzornega sveta. Marjetica Koper je z Mestno občino Koper sklenila pogodbo o najemu javne infrastrukture, v kateri niso celovito urejene vse medsebojne pravice in obveznosti, ter ni sklenila pogodbe v zvezi z izvajanjem javnih pooblastil. Med stroški gospodarskih javnih služb je izkazala stroške, ki niso upravičeni stroški, ki bi nastali zaradi opravljanja dejavnosti in niso potrebni za opravljanje javne službe. Med splošnimi stroški gospodarskih javnih služb pa je izkazala stroške, za katere v Pravilniku o sodilih za razporejanje prihodkov, odhodkov, sredstev in obveznosti do virov sredstev po posameznih dejavnostih ni opredelila, da niso upravičeni stroški gospodarskih javnih služb varstva okolja.
Marjetica Koper ni v celoti ustrezno spremljala poslovanja, ker ni imela sprejetih notranjih aktov, v katerih bi določila enoten postopek spremljanja izvajanja storitev zunanjih izvajalcev, način spremljanja izvajanja obveznosti prejemnikov sponzorskih sredstev, ni vzpostavila sistema spremljanja pridobljenih finančnih naložb ter ni enovito uredila postopka spremljanja poslovanja družbe in izvajanja gospodarskih javnih služb. V nekaterih primerih ni spremljala izvedenih storitev zunanjih izvajalcev in izpolnjevanja obveznosti prejemnikov sponzorskih sredstev.
Računsko sodišče je od Marjetice Koper zahtevalo predložitev odzivnega poročila, v katerem mora izkazati popravljalne ukrepe za odpravo nesmotrnosti, in podalo priporočila za izboljšanje poslovanja.
