Ministrstvo za zdravje pri načrtovanju razvojnih projektov izgradnje urgentnih centrov ni bilo učinkovito, saj projekti niso bili pripravljeni tako, da bi bili v celoti izvedeni v skladu s časovnim načrtom in predvidenimi vrednostmi iz investicijske dokumentacije. Ministrstvo za zdravje pred odločitvijo o investiciji ni izvedlo ustrezne analize stanja, na podlagi katere bi zadostno utemeljilo razloge za investicijsko namero, hkrati pa ni v zadostni meri sledilo cilju iz Resolucije o nacionalnih razvojnih projektih za obdobje 2007–2023, ki se nanaša na odpravo regionalnih razlik v kakovosti infrastrukture za nujno medicinsko pomoč ter enakomeren razvoj regij. To Ministrstvo za zdravje po vzpostavitvi mreže urgentnih centrov rešuje z vzpostavljanjem tako imenovanih satelitskih urgentnih centrov.
Ministrstvo za zdravje je pri projektih izgradnje urgentnih centrov uporabilo investicijsko dokumentacijo, ki je bila v časovno oddaljenem obdobju izdelana za projekte prenove splošnih bolnišnic, hkrati pa je neučinkovito obvladovalo razkorak med željami splošnih bolnišnic in dejanskimi potrebami ter finančnimi zmožnostmi. V več primerih so investicijsko dokumentacijo pripravili tako Ministrstvo za zdravje kot tudi splošne bolnišnice, kar kaže na neusklajeno načrtovanje projektov izgradnje urgentnih centrov, v večini primerov pa investicijska dokumentacija tudi ni bila izdelana tako, da bi urgentne centre zajela kot tehnično-tehnološko in ekonomsko celoto, zaradi česar je Ministrstvo za zdravje ob zaključku projektov moralo izvesti optimizacijo prostorov ter nabaviti dodatno opremo, ki je bila nujno potrebna za zagotovitev polne funkcionalnosti urgentnih centrov. Slednje pa je Ministrstvo za zdravje financiralo iz proračunskih sredstev, saj sofinanciranje s sredstvi Evropske unije ni bilo več mogoče.
Odločitve o načinu izgradnje posameznega urgentnega centra Ministrstvo za zdravje ni sprejelo na podlagi proučitve več variant izvedbe projekta, zaradi česar ni mogoče potrditi, da je Ministrstvo za zdravje za dosego cilja, ki ga je za projekt določilo v investicijski dokumentaciji, izbralo optimalno varianto.
Ministrstvo za zdravje je v več primerih Vladi Republike Slovenije podalo predloge za uvrstitev projektov izgradnje urgentnih centrov v načrt razvojnih programov šele v letu, v katerem so bila predvidena izplačila iz proračuna, oziroma je Ministrstvo za zdravje od organa upravljanja prejelo odločbe o dodelitvi sredstev, kljub temu da so bili že pred tem izpolnjeni vsi pogoji, ki jih za vključitev projekta v načrt razvojnih programov določa Uredba o dokumentih razvojnega načrtovanja in postopkih za pripravo predloga državnega proračuna, in so bila za projekte že porabljena sredstva iz sorodnih projektov. Ministrstvo za zdravje je prvo investicijsko dokumentacijo, ki odraža jasno namero o izvedbi projekta, pripravilo v letu 2009, prvi projekt pa je bil v načrt razvojnih programov vključen šele v letu 2012. Projekti so bili financirani iz več projektov, hkrati pa projekti niso odražali vsebine teh projektov, saj so združevali tako gradnjo urgentnih centrov kot tudi gradnjo drugih prostorov, ki niso namenjeni neposredno delovanju urgentnih centrov. V več primerih urgentnih centrov ob njihovi uvrstitvi v načrt razvojnih programov Ministrstvo za zdravje ni zagotovilo zaprte finančne konstrukcije oziroma je kasneje projektom odvzelo pravice porabe, pri večini urgentnih centov pa Ministrstvo za zdravje ni ustrezno načrtovalo pravic porabe za leto 2016 predvsem iz razloga, ker bi urgentni centri morali biti dokončani do konca leta 2015.
Pri slabi polovici primerov urgentnih centrov Ministrstvo za zdravje ni vzpostavilo sistema notranjih kontrol, s katerim bi preprečilo umeščanje projektov v načrt razvojnih programov brez predhodnega soglasja Vlade Republike Slovenije oziroma organa upravljanja, v slabi tretjini primerov pa Ministrstvo za zdravje projektov, ki jih je vključilo v načrt razvojnih programov, ni izkazalo v zaključnih računih in o njih poročalo v obrazložitvah zaključnih računov ter je na ta način prikrilo poročanje o neuspešnosti pri izvedbi projektov v obravnavanih letih. Ministrstvo za zdravje v dveh primerih, ko se je vrednost projekta povečala za več kot 20 odstotkov, ni izdelalo novelacije investicijskega programa, ki jo določa Uredba o enotni metodologiji za pripravo in obravnavo investicijske dokumentacije na področju javnih financ.
Računsko sodišče je Ministrstvu za zdravje podalo priporočila v zvezi z oblikovanjem projektnih skupin, pripravo investicijske dokumentacije in načrtovanjem finančnih sredstev.
