Služba Vlade Republike Slovenije za razvoj in evropsko kohezijsko politiko in pred njo do 1. 3. 2014 pristojno Ministrstvo za gospodarski razvoj in tehnologijo v vlogi organa upravljanja nista zagotavljala učinkovitega in uspešnega delovanja informacijskega sistema za podporo izvajanja nalog organa upravljanja.
Računsko sodišče je že leta 2011 v reviziji zahtevalo, da mora organ upravljanja s predloženim načrtom zagotoviti, da bodo v informacijski sistem zapisani točni zneski z listin. Organ upravljanja je sicer sklenil pogodbo za pripravo konverzije podatkovnega tipa float v decimal v podatkovni zbirki RPARR, kar je organ upravljanja tudi potrdil in plačal. Popravljene verzije informacijskega sistema z zamenjanim tipom zapisa podatkov decimal pa ni predal v produkcijo. Po podatkih organa za potrjevanje je bilo v obdobju od 1. 3. 2012 do 30. 9. 2015 zaradi napak v delovanju informacijskega sistema ISARR zavrnjenih za najmanj 38 odstotkov vseh zavrnjenih zahtevkov za povračilo v vrednosti najmanj 41.624.744 evrov, kar predstavlja 46 odstotkov vrednosti vseh zavrnjenih zahtevkov za povračilo. Uporaba informacijskega sistema je le delno (za 50 odstotkov vseh uporabnikov) pripomogla k učinkovitejšemu izvajanju poslovnih procesov, tretjini vseh anketiranih uporabnikov je uporaba informacijskega sistema ISARR predstavljala oviro pri delu.
Organ upravljanja je v razpisni dokumentaciji za novi informacijski sistem e-MA zapisal le splošne pravne podlage, ki veljajo za izvajanje kohezijske politike za obdobje 2014−2020. Ni predpisal delovanja informacijskega sistema, ki bi zagotovilo učinkovitost dela uporabnikom sistema, ob prevzemu pa bi omogočilo preverjanje ustreznosti dobavljenega informacijskega sistema. Ponudbena dokumentacija izbranega izvajalca ni vsebovala vseh dokazil glede zahtevanih referenc in bi jo organ upravljanja moral izločiti kot nepopolno.
V informacijskem sistemu ISARR finančni podatki iz zahtevka za izplačilo in zahtevka za povračilo niso shranjeni ob pripravi zahtevkov, zato iz informacijskega sistema ni mogoče dobiti pravilnih vrednosti zahtevkov za izplačila in zahtevkov za povračila. Kar 35 odstotkov vseh uporabnikov je v anketi računskega sodišča navedlo, da informacijski sistem pogosto ni bil razpoložljiv. Prav tako odgovori anketiranih uporabnikov kažejo, da pričakovanja uporabnikov glede odzivnih časov informacijskega sistema ISARR niso bila izpolnjena. Ker informacijski sistem pogosto ni bil razpoložljiv oziroma je napačno deloval, uporabniki podatkov o listinah in na njih temelječih zahtevkih za izplačilo niso vnašali sproti. Zato je obstajal razkorak med vnesenimi podatki za zahtevke za izplačilo in za odredbe za izplačilo, najdaljši razkorak je glede na podatke do 30. 9. 2015 znašal 1.132 dni. Razlika med vnesenimi podatki za zahtevke za izplačilo in za odredbe za izplačilo je na dan 30. 9. 2015 znašala 2.567.314 evrov.
Prav tako je obstajala razlika med izplačanimi sredstvi iz državnega proračuna in predloženimi zahtevki za povračilo, ki je na dan 30. 9. 2015 znašala 110.115.050 evrov.
